Mauro Bacherini dal 2006 al 2008 ha ricoperto la carica di "Altro Maestro del Coro" affiancando Norbert Balatsch nella direzione del "Coro dell’Accademia Nazionale di Santa Cecilia". Durante questo periodo ha firmato come maestro del coro le seguenti produzioni: F. Liszt: "Sinfonia Dante" con il Franz Liszt Piano Duo, Ugo Pagliai e Paola Gassman voci recitanti; "Omaggio a Trovajoli": concerto di musiche da film e commedie musicali (Rugantino, Ciao Rudy etc.) diretto da Franco Petracchi e con Armando Trovajoli al pianoforte; L. Bernstein: "Wonderful Town", musical con Kim Criswell diretto da Wayne Marshall; G. Manzoni: "La Legge", azione scenica in un atto per la Biennale di Venezia Musica 2007; E. Morricone: "Voci dal silenzio" e musiche per il cinema dirette da Ennio Morricone; Concerto di Natale con la Banda della Polizia di Stato diretta da Maurizio Billi; "Gala Offenbach" diretto da Fayçal Karoui; L. Bacalov: "Misa Tango" diretta da Luis Bacalov con Richard Galliano al bandoneon; G. Battistelli: "Miracolo a Milano" opera diretta da Erasmo Gaudiomonte con la regia di Daniele Abbado.
Come assistente di Norbert Balatsch ha collaborato con direttori d’orchestra quali Pappano, Gergiev, Jurowski, Ashkenazy, Temirkanov, Gatti nella realizzazione di importanti produzioni sinfoniche e operistiche (Boris Godunov, Sinfonia IX di Henze, La Rondine di Puccini, Peer Gynt, Salmo IX di Petrassi, Guillaume Tell, Parsifal, Ivan il Terribile di Prokofiev etc.).
Inoltre ha diretto il Coro dell’Accademia Nazionale di Santa Cecilia accompagnato dall’organista Gianluca Libertucci in un concerto monografico dedicato alla musica sacra di Liszt e nell’esecuzione del "Romancero Gitano" di Castelnuovo-Tedesco nell’ambito della rassegna "Musica e poesia" con il chitarrista Arturo Tallini e Claudia Gerini voce recitante.